中国乡村调查研究中心最高决策机构是专家委员会。专家委员会协助中心主任制定和规划中心的总体发展方向；制定和审定中心的学科建设与发展规划；对中心各研究方向的设置进行评议和审核；对中心科研项目进行定期检查和评估；协调指导或组织中心的国内外重大科研合作和学术交流；指导中心人才培养、高层次人才引进与流动、科研团队业绩考评等工作。

中心下设科研团队、研究基地和办公室。办公室负责中心的日常事务性工作。

经研究决定，楚国帅博士任中心办公室主任。